“对于代测序NGS技术,在座各位都了如指掌。目前可供选择并算多,特别Illuna测序,凭借着高通量、低成本,逐渐变成主流。”
“但随着需求变化,相信大家都能体会到,代读长实在太短,常规模式只能测PE150长度。在样背景下,三代测序技术应运而生。”
此句说完,下面少都跟着点头,显然深体会。在里听报告,说全部都做研教授学者,但起码都相关从业员。
陆时羡说什虚头脑东西,只真正上手作过测序工作才能切身体会到。
“小陆说确实实话,过就目前而言,读长短劣势可以运用软件算法进行优化改良,最呈现出效果也算错。”台下顾洪雅教授小声地说出了多数心中想法。
怕麻烦,到了一定年龄,们探索新事物动机就会下降,改以验看待事物,样就容易过于依赖验,足于用验方法解决问题。
也就原东西只要能用,几乎愿意花费大量力去学习原因。
话虽然说,但去反驳和打断陆时羡。
成功者掌握话语权。
家都用三代测序在基因重组上作出了新突破,并成功在刊上发表了,那肯定你说什就什。
显然,个时候要想引注目,就必须得画一个好看并且诱大饼。
于陆时羡开始了他画饼作。
“首先,先介绍一下在耶鲁大学时研内容。"
“众所周知,三代测序技术实质无需进行PCR扩增作,实从而现对每一条DNA分子单独测序。基于第三代测序技术个特点,们通过效基因具备特殊编码——起始密码子、终止密码子,以及编码基因序列特征,组装了数十个样本和水稻高质量基因组,绘制了首个芒属基因组变异图谱,构建了世界第一个高质量图基因组。“
“然们通过系统发育和比较基因组学手段了解到种植物远缘杂交基本况,解析了个过程中基因组变异过程。与此同时,们据基因组变异和水稻表型组数据关联,发掘出许多与表型显着关联重要状相关位点,如控制叶绿素合成状谷氨酸-1-半醛转氨酶(GSAAT)基因等......“
“另外,正通过个实验,们真正了解到一种远缘杂交植物基因变异和物种进化过程。因兼具芒属和芦竹属特点,将其命名欧洲芦芒,目前在国际植物命名法规上注册。”
陆时羡花了到五分钟时间将前发表在Science上成果简单报告了一下。
而现场也复前平静,开始一些讨论声出现。
懂行,会觉得发现一个新物种并且给它起了一个国际通用名字,实在太酷啦!
而懂行业内士,思考种方法在其他物种、甚至其他领域可能,他们敏锐地感觉到个技术可塑造和发展。
愧能够登上Science封面文章,它广阔未。
陆时羡刚刚所说部分,实际上才算此次报告开胃菜而,他更大干货即将拿出,也即将解答些疑问。
“下面将在份成果基础上,做些许延申和展望。里面许多内容都个一些想法,未过实验证实,但它仍代表着对三代测序技术未发展方向看法。”
陆时羡按动手里遥控器,大屏幕上PPT开始切换,最显现出几个大字。
【大基因组组装】
“随着基因组测序技术发展,三代测序技术成本会大幅度下降,通量会呈现指数倍增加,读长也会以超过百倍速度提升。”
“未会越越多生物完成了全基因组密码破译,那当类似欧洲芦芒种植物基因组大小仅到2.12Gb植物被研完成,且将其称小型基因组。"
“那未发展趋势就会逐渐转移到子植物者两栖爬行动物种大型基因组甚至超大型基因组上。关于植物基因组大小猜测两个原因。”
“一个多倍体全基因组复制,引起了植物基因组大小增加,另外一个原因可能拷贝数变化,会导致植物基因组大小发生变化,比如说DNA重复序列在大多数植物中占据基因组DNA序列大部分,以几百万个拷贝形式出现。”
陆时羡话音刚落下,全场就陷入了震撼中。
感到震惊,因很显而易见事,并难联想下去。
既然植物可以进行高质量基因重组,绘制基因组变异图谱,那运用到动物上并可能。
更深一步想,类自身否也能借此建立出属于自己高质量参考基因组?
其实,一个非常严肃问题。
陆时羡现在在里提出个东西,也方面考量。
他在米国第一个提出三代测序技术新应用其实也无奈举。
技术米发明,就算他,家迟早会发展出,他很清楚个时间并会太晚。
倒如成第一个吃螃蟹,拥先发优势他,也会拥更大影响力。
样许能够让华国加入基因组领域最主要两个国际联盟:国际类泛基因组联盟和国际T2T基因组联盟。
就算在世,里面重要成员都自国外大学和研所,国研机构和员并在内。
很少知道,就在数年前,在类基因组计划基础上,米国就正式提出全新大科学计划——准医学计划。
个计划最终目标测定每一个基因组,也称“全民基因组计划”。
“但随着需求变化,相信大家都能体会到,代读长实在太短,常规模式只能测PE150长度。在样背景下,三代测序技术应运而生。”
此句说完,下面少都跟着点头,显然深体会。在里听报告,说全部都做研教授学者,但起码都相关从业员。
陆时羡说什虚头脑东西,只真正上手作过测序工作才能切身体会到。
“小陆说确实实话,过就目前而言,读长短劣势可以运用软件算法进行优化改良,最呈现出效果也算错。”台下顾洪雅教授小声地说出了多数心中想法。
怕麻烦,到了一定年龄,们探索新事物动机就会下降,改以验看待事物,样就容易过于依赖验,足于用验方法解决问题。
也就原东西只要能用,几乎愿意花费大量力去学习原因。
话虽然说,但去反驳和打断陆时羡。
成功者掌握话语权。
家都用三代测序在基因重组上作出了新突破,并成功在刊上发表了,那肯定你说什就什。
显然,个时候要想引注目,就必须得画一个好看并且诱大饼。
于陆时羡开始了他画饼作。
“首先,先介绍一下在耶鲁大学时研内容。"
“众所周知,三代测序技术实质无需进行PCR扩增作,实从而现对每一条DNA分子单独测序。基于第三代测序技术个特点,们通过效基因具备特殊编码——起始密码子、终止密码子,以及编码基因序列特征,组装了数十个样本和水稻高质量基因组,绘制了首个芒属基因组变异图谱,构建了世界第一个高质量图基因组。“
“然们通过系统发育和比较基因组学手段了解到种植物远缘杂交基本况,解析了个过程中基因组变异过程。与此同时,们据基因组变异和水稻表型组数据关联,发掘出许多与表型显着关联重要状相关位点,如控制叶绿素合成状谷氨酸-1-半醛转氨酶(GSAAT)基因等......“
“另外,正通过个实验,们真正了解到一种远缘杂交植物基因变异和物种进化过程。因兼具芒属和芦竹属特点,将其命名欧洲芦芒,目前在国际植物命名法规上注册。”
陆时羡花了到五分钟时间将前发表在Science上成果简单报告了一下。
而现场也复前平静,开始一些讨论声出现。
懂行,会觉得发现一个新物种并且给它起了一个国际通用名字,实在太酷啦!
而懂行业内士,思考种方法在其他物种、甚至其他领域可能,他们敏锐地感觉到个技术可塑造和发展。
愧能够登上Science封面文章,它广阔未。
陆时羡刚刚所说部分,实际上才算此次报告开胃菜而,他更大干货即将拿出,也即将解答些疑问。
“下面将在份成果基础上,做些许延申和展望。里面许多内容都个一些想法,未过实验证实,但它仍代表着对三代测序技术未发展方向看法。”
陆时羡按动手里遥控器,大屏幕上PPT开始切换,最显现出几个大字。
【大基因组组装】
“随着基因组测序技术发展,三代测序技术成本会大幅度下降,通量会呈现指数倍增加,读长也会以超过百倍速度提升。”
“未会越越多生物完成了全基因组密码破译,那当类似欧洲芦芒种植物基因组大小仅到2.12Gb植物被研完成,且将其称小型基因组。"
“那未发展趋势就会逐渐转移到子植物者两栖爬行动物种大型基因组甚至超大型基因组上。关于植物基因组大小猜测两个原因。”
“一个多倍体全基因组复制,引起了植物基因组大小增加,另外一个原因可能拷贝数变化,会导致植物基因组大小发生变化,比如说DNA重复序列在大多数植物中占据基因组DNA序列大部分,以几百万个拷贝形式出现。”
陆时羡话音刚落下,全场就陷入了震撼中。
感到震惊,因很显而易见事,并难联想下去。
既然植物可以进行高质量基因重组,绘制基因组变异图谱,那运用到动物上并可能。
更深一步想,类自身否也能借此建立出属于自己高质量参考基因组?
其实,一个非常严肃问题。
陆时羡现在在里提出个东西,也方面考量。
他在米国第一个提出三代测序技术新应用其实也无奈举。
技术米发明,就算他,家迟早会发展出,他很清楚个时间并会太晚。
倒如成第一个吃螃蟹,拥先发优势他,也会拥更大影响力。
样许能够让华国加入基因组领域最主要两个国际联盟:国际类泛基因组联盟和国际T2T基因组联盟。
就算在世,里面重要成员都自国外大学和研所,国研机构和员并在内。
很少知道,就在数年前,在类基因组计划基础上,米国就正式提出全新大科学计划——准医学计划。
个计划最终目标测定每一个基因组,也称“全民基因组计划”。